ارزیابی ویژگی‌های ساختاری وعملکردی مجموعه پروتئینی Xpt به منظور توسعه‌ روش‌های مولکولی در طراحی نسل جدید آفت کش ها

در خصوص ویژگی‌های ساختاری و عملکردی مجموعه سموم آفت کش Xpt اطلاعات کمی موجود است. آگاهی از دمین‌های عملکردی و اتصالی در جهت ایجاد سازه‌های ژنی جدید با حذف نواحی غیر‌ضروری یا قرار دادن دمین‌های عملکردی در مجاورت پروتئین‌های دیگر و تولید سموم چند‌‌توان حائز اهمیت است. در پژوهش حاضر محاسبات زیستی این مجموعه جهت آگاهی از ویژگی‌های نواحی مختلف آن انجام گردید. توالی ژنی و پروتئینی این مجموعه شامل زیر واحد‌های XptA1 ، XptA2 ، XptB1 و XptC1 از پایگاه‌های داده استحصال و بررسی ساختاری و عملکردی شامل خصوصیات فیزیکوشیمیایی، توپولوژی، دامنه میزبانی، ساختارهای ثانویه و سه‌بعدی توسط برنامه‌های رایج محاسباتی صورت پذیرفت. قابلیت ترشح مستقل از سیگنال پپتید، دمین‌های مرتبط با خاصیت حشره‌کشی و عملکرد سایر ‌دومین ها آشکار گردید. همگون‌یابی توالی نواحی عملکردی منجر به ردیابی آن ها در طیف وسیع از باکتری‌های گرم منفی شد. ساختار ثانویه نشان‌ دهنده ماهیت هلیکسی ناحیه عملکردی XptA1 و XptA2 و صفحه‌ای XptC1 است. قابلیت عملکردی مطلوب XptC1 نسبت به سایر اجزا در اتصال به اکتین نشان داده شد. نتایج حاصل از این تحقیق با آشکار‌سازی اطلاعات پایه‌ای نواحی مختلف مجموعه سموم Xpt امکان طراحی سازه‌های ژنی جدید مبتنی بر زیست شناسی سنتزی را فراهم می‌آورد